El ex atlético Manolo Alfaro llegó a un acuerdo con los dirigentes del Azuqueca (Tercera División, Grupo 18) para dirigir al primer plantel de la entidad rojinegra.
Tras dejar de jugar al fútbol, Manolo Alfaro fichó en la temporada 2004/05 por la RSD Alcalá como director deportivo, asimismo entrenó al juvenil A, e hizo de segundo entrenador del primer equipo en Segunda División B junto al entrenador serbio Josip Višnjić. En la 2005/06 realizó trabajos como ojeador del Hércules CF. En verano de 2006 fichó como entrenador del FC Jove Español de la localidad alicantina de San Vicente del Raspeig, equipo de laTercera División. En marzo de 2007 dimitió en el conjunto sanvicentero por motivos personales. Posteriormente comenzó la temporada 2007/08 entrenando al CD San Fernando de Henares aunque no llegó a terminar la temporada. En esa misma temporada jugó con el Club Atlético de Madrid la Liga Indoor junto con otros ex jugadores del conjunto colchonero.
En febrero de 2008 Alfaro fichó por el Hércules CF como nuevo director deportivo junto a Paquito Escudero, para la planificación de la plantilla de jugadores de la temporada 2008/09.
En junio de 2009, Alfaro fichó por el Talavera C.F., club del grupo 18 de la Tercera División con un proyecto muy austero y para intentar a medio-largo plazo el ascenso a la Segunda B. En la temporada 2010/2011 el Talavera C.F se disolvió quedando Alfaro temporalmente sin equipo pero, a principios de noviembre, fue elegido como nuevo entrenador del C.D Toledo en 3.ª División con el único objetivo de ascender a Segunda División B. Una vez ascendido el equipo, Manolo Alfaro ha sido renovado para la temporada 2011/ 2012 para que siga ejerciendo, ya en Segunda División B, como entrenador del C.D Toledo.
En marzo de 2012 la comisión directiva del Toledo hizo oficial la destitución de Manolo Alfaro como entrenador del primer plantel verde debido a la derrota como local ante Real Madrid Castilla. Alfaro había llegado al Toledo en octubre de 2010, en sustitución de Ricardo Serna y había conquistado el ascenso a Segunda B.
En diciembre de 2013 se convierte en entrenador del Club Jorge Wilstermann de la Primera División de Bolivia, aunque sería destituido antes de finalizar la temporada.
En abril de 2015, el Orihuela C. F., militando en Tercera División, anuncia el fichaje de Alfaro hasta el final de la temporada.
